הניווט בעזרת מצפן דיגיטלי דומה לניווט דרך חלונית הכיוון של המצפן המכני. כל המצפנים הדיגיטליים מבוססים על חיישנים שמודדים את השדה המגנטי של כדור הארץ. הצבת החיישנים המגנטים על ציר בניצב אחד לשני מאפשרת למדוד את הזווית שבין כיוון ההתקדמות לצפון.

אחד היתרונות של מצפן דיגיטלי לעומת מצפן אנלוגי הוא שבעזרת שימוש בחיישן שמודד את הזווית שבין גוף המצפן וכיוון כוח הכובד של כדור הארץ המצפן האלקטרוני יכול לעבוד גם כאשר לא מחזיקים אותו במאוזן (חשוב לקרוא בחוברת ההפעלה מה זווית ההטיה המרבית האפשרית לקריאה מדויקת).

מכיוון שמצפן זה מציג את הנתונים על גבי מסך דיגיטלי, השימוש בו שונה מזה שבמצפן אנלוגי ומחייב את המשתמש ללמוד את השימוש בו מחוץ למים לפני שנעשה בו שימוש בצלילה.

מצפן דיגיטלי מחייב ביצוע כיול כדי להציג כיוון מדויק ובכל מקרה, אם לניווט יש חשיבות גבוהה מומלץ לקחת מצפן אנלוגי לגיבוי.